कर्कोटक नावाचा सर्प आणि त्याची शिव आराधना यांच्याशी निगडीत आहे श्री कर्कोटेश्वर महादेवाच्या स्थापनेची कथा. श्री कर्कोटेश्वर महादेवाच्या कथेमध्ये धर्म आचरणाचे महत्त्व दर्शविण्यात आलेले आहे. पौराणिक कथांनुसार एकदा सर्पांच्या मातेने सर्पांकडून आपला वचनभंग झाला म्हणू रागावून सर्व सर्पांना शाप दिला की सर्व सर्प जनमेजय राजाच्या सर्प यज्ञात जाळून भस्म होतील. शापामुळे भयभीत होऊन काही सर्प हिमालयात तपश्चर्या करण्यासाठी निघून गेले, कंबल नावाचा सर्प ब्रम्हदेवाला शरण गेला, आणि सर्प शंखचूड मणिपुरात गेला. तसेच कालिया नावाचा सर्प यमुनेत राहायला गेला, सर्प धृतराष्ट्र प्रयाग मध्ये, सर्प एलापत्रक ब्राम्हलोकात आणि बाकीचे सर्प कुरुक्षेत्रात जाऊन तप करू लागले.
मग सर्प एलापत्रक ने ब्रम्हदेवाला सांगितले की प्रभू कृपया एखादा असा उपाय सांगा जेणेकरून आम्ही आमच्या मातेच्या शापातून मुक्त होऊ आणि आमचा उद्धार होईल. तेव्हा ब्रम्हदेवाने त्याला सांगितले की तुम्ही सर्व महाकाल वनात जा आणि तिथे उपस्थित महामाया च्या जवळ असलेल्या देवतांचे स्वामी महादेव यांच्या दिव्य लिंगाची पूजा आराधना करा. तेव्हा कर्कोटक नावाचा सर्प आपल्याच इच्छेने महाकाल वनात जाऊन महामाया च्या जवळ स्थित दिव्य लिंगासमोर मसून त्याची स्तुती गाऊ लागला. शंकराने प्रसन्न होऊन सांगितले की जे नाग धर्माचे आचरण करतील त्यांचा विनाश होणार नाही. तेव्हापासूनच हे दिव्य लिंग कर्कोटकेश्वर किंवा प्रचलित नावाप्रमाणे कर्कोटेश्वर महादेव या नावाने प्रसिद्ध झाले.
असे मानले जाते की श्रो कर्कोटेश्वर महादेवाच्या दर्शनाने कुळात सर्पांचा दोष नाहीसा होती आणि वंशाची वृद्धी होते. बाराही महिने इथे दर्शनाचे महत्त्व आहे, परंतु पंचमी, चतुर्दशी, रविवार आणि श्रावण महिन्यात इथे दर्शन घेण्याचे विशेष महत्त्व मानले गेले आहे. श्री कर्कोटेश्वर महादेव मंदिर उज्जैन च्या प्रसिद्ध श्री हरिसिध्द मंदिराच्या प्रांगणात वसलेले आहे. हरिसिध्द दर्शन करणारे जवळ जवळ सर्व भाविक लोक कर्कोटेश्वर महादेवाच्या दर्शन पूजनाचा लाभ घेतात.
