कर्कोटक नावाचा सर्प आणि त्याची शिव आराधना यांच्याशी निगडीत आहे श्री कर्कोटेश्वर महादेवाच्या स्थापनेची कथा. श्री कर्कोटेश्वर महादेवाच्या कथेमध्ये धर्म आचरणाचे महत्त्व दर्शविण्यात आलेले आहे. पौराणिक कथांनुसार एकदा सर्पांच्या मातेने सर्पांकडून आपला वचनभंग झाला म्हणू रागावून सर्व सर्पांना शाप दिला की सर्व सर्प जनमेजय राजाच्या सर्प यज्ञात जाळून भस्म होतील. शापामुळे भयभीत होऊन काही सर्प हिमालयात तपश्चर्या करण्यासाठी निघून गेले, कंबल नावाचा सर्प ब्रम्हदेवाला शरण गेला, आणि सर्प शंखचूड मणिपुरात गेला. तसेच कालिया नावाचा सर्प यमुनेत राहायला गेला, सर्प धृतराष्ट्र प्रयाग मध्ये, सर्प एलापत्रक ब्राम्हलोकात आणि बाकीचे सर्प कुरुक्षेत्रात जाऊन तप करू लागले.