बाबरने इ.स. १५२६ मध्ये सत्ता मिळवल्यावर खऱ्या मुघल साम्राज्याची सुरूवात झाली. बाबरचं राज्य लाहौर व भैरा पासून बहरेच व बिहार पर्यंत आणि सिअल्कोट पासून रथांबोरपर्यंत पसरलं होतं. आपल्या पूर्वजांसारखेच बाबरने हिंदू मंदिरांना लुटणं, उध्वस्त करणं,आणि लोकांना मारणं या प्रथेला चालू ठेवलं. बाबरचा मृत्यू १५३० मध्ये झाला ज्यानंतर त्याचा सर्वात मोठा मुलगा हुमायू याने आग्र्याला सत्ता सांभाळली. हुमायू ला अनेक अडचणींचा सामना करावा लागला. त्याला आपल्या सैन्याला पुन्हा एकत्र आणावं लागलं. त्याच्या भावांनी आणि सैन्यानेही त्याला बराच त्रास दिला.
बाबरने अफगाण्यांना हरवलं होतं तरी त्यांनी जिद्द सोडली नाही. बंगालचा राजा शेर खान याने हुमायू ला इ.स. १५३९ मध्ये हरवलं आणि दिल्ली व आग्र्यावर ताबा मिळवला. अशाप्रकारे शेरखानद्वारे अफगाण्यांनी दिल्लीवर सत्ता स्थापन केली. हुमायू ला भारत सोडून जावलं लागलं.
शेर शाह आणि सूर साम्राज्य –
शेर शाहची सत्ता फक्त पात वर्ष (१५४० - १५४५) टिकली. पण तो भारतीय इतिहासाचा महत्त्वाचा काळ होता. शेर शाह हा एक पात्र असलेला सैन्य आणि नागरिक व्यवस्थापक होता. त्यांनी अनेक क्षेत्रास सुधारणा घ़वून आणली ज्यांपैकी सैन्य आणि करव्यवस्था हे दोन विभाग आहेत. १५४५ला शेरशाह च्या मृत्यू नंतर त्याचा मोठा मुलगा इस्लाम शाह याने इ.स. १५३३ पर्यंत राज्य केलं. यानंतर मुहम्मद आदिल शाह सत्तेवर आला. आदिलशाह हा तितका पात्र प्रशासक नव्हता, म्हणऊन त्याचा मंत्री हेमू हा प्रमुख बनला आणि सत्ता सांभाळू लागला. इब्राहीम शाह व सिकंदर शाहच्या हल्ल्यांनतर सूर साम्राज्य विखुरलं गेलं.
हुमायूचे परतणे (१५५५)
यादरम्यान हुमायूने पर्शियन शाहशी हात मिळवणी केली. त्याने लाहौर व दिपालपूरवर १५५५ ताबा मिळवलं. जुलै १५५५ पर्यंत हुमायू दिल्लीला पोहोचला व त्याने तिथे आपला वेळ राज्यकारभारात लक्ष देण्यात घालवला. १५५६ मध्ये हिमायूचा पडून मृत्यू झाला.
हुमायूच्या मृत्यूनंतर भारतीय इतिहासात सर्वात शक्तिशाली असलेल्या मुघल राजेना, अकबर ( १५५६ – १६०५ ), याने सत्तेची सूत्र हातात घेतली. अकबरने हुमायूच्या मृत्यूनंतर १४ वर्षांचा असतानाच मुघल साम्राज्याची सत्ता सांभाळली. त्याचे काका बैरम खान त्याला सल्ले देत असत. १५५६ मध्ये अकबरचा पानिपतच्या युद्धात हेमूशी सामना झाला आणि त्याने त्याच्या विशाल सैन्याचा पराभव केला. हेमूच्या पराभवाने मुघल दिल्ली व आग्र्यालर आपली सत्ता प्रस्थापित करू शकले.
अकबर –
अकबर राजपुत्रांबरोबर समेट करण्याचे समीकरण अवलंबायचा व तडजोडीच्या माध्यमातून त्यांचे समर्थन मिळवायचा. १५६२ मध्ये त्याने जयपूरचा राजा बिहाल मल याच्या मोठ्या मुलीशी लग्न केलं. १५८४ मध्ये त्यांचा मुलगा सलीम ने राजा भगवान दास याच्या मुलीशी लग्न केलं. त्यांने १५७६ मध्ये हल्दीघाटाच्या युद्धात राजपूत राजा महाराणा प्रताप याच्याशी युद्ध केलं. एका भीषण युद्धानंतर अकबर याने महाराणा प्रतापवर मात केली. अकबरने १५८९ पर्यंत बंगाल, गुजरात, काश्मूर व काबूल वर आणि १५९५ पर्यंत सिंध आणि कंधारवर सत्ता गाजवली. दख्खनकडे चाल करत त्याने अहमदनगरवर हल्ला केला व चांदबिबीच्या शूर प्रतिकारानंतरही त्याने तिला १५९६ ला पराभूत केलं.
असं म्हणतात कि अकबर हिंदूंच्याबाबतीत सहिष्णू होता. पण काही सुत्रांच्या मते चित्तौडच्या युद्धानंतर अकबरने २४ फेब्रुवारी १५६८ ला जवळपास ३०,००० कैद असलेल्या हिंदू राजपुतांच्या हत्येचे आदेश दिले. याचा उल्लेख अकबरच्या दरबारातला इतिहासकार अबुल फजल याने ही केला आहे.
त्याने हिंदू व मुस्लिम दोन्ही खूश व्हावेत यासाठी दीन-ए- इलाही नावाचा एक नवा धर्म लागू करायचा प्रयत्न केला पण राजकीय कारणांमुळे त्याला यात यश मिळालं नाही. अकबर हा एक उत्तम प्रशासकच नव्हता तर मुघल राजांपैकी अतयंत शक्तिशालीही होता. त्याचा मुलगा सलीम उर्फ जहागीर याने १६०५ मध्ये सत्ता हातात घेतली. सलीमवर त्याची राणी नूर जहाँचा अत्यंत प्रभाव होती. त्याने सत्तेची संपूर्ण जबाबदारी तिच्यावर सोपवली होती. जहागिरचा मृत्यू १६२७ मध्ये झाला व त्याच्यानंतर शहा जहाँ ाला ज्याने १६२७ त् १६५८ पर्यंत राज्य केलं. शहाजहाँचा काळ हा ताजमहल आणि इतर स्मारकांच्या उभारणीसाठी ओळखला जातो. त्याचं आपल्या बायकोवर, मुमताज महल, हिच्यावर प्रचंड प्रेम होतं. तिच्या मृत्यूनंतर १६३१ मध्ये त्याने ताजमहल बांधला.
१६५७ मध्ये शहाजहाँची तब्येत बिघडल्याने सिंहासनावरून दारा शाह, मुराद आणि औरंगजेब यांच्यात यद्ध सुरू झाले. ओरंगजेब इतर तीन मुलांपेक्षा अधिक पात्र असल्याने तो सिंहासनावर बसला. त्याने १६५८ – १७०७ पर्यंत राज्य केलं. औरंगजेब शेवटचा असा राजा होता ज्याने मुघल साम्राज्याला त्याच्या शिखरावर नेऊन ठेवलं. औरंगदेबाचं राज्य घजनी ते बंगाल आणि काश्मिर ते दख्खनपर्यंत होतं. पण तो एक धार्मिक कट्टरपंथी होता. त्याने अनेक मंदिरं उध्वस्त केली व हिंदूंना बळजबरी इस्लाम धर्म स्विकारायाल लावला.
औरंगजेबाला शिवाजीराजांच्या राजवटीत मराठ्यांच्या टोकाच्या द्वेषाला सामोरं जावं लागलं. अकबर त्यांच्यावर राज्य करण्यात अयशस्वी ठरले. १६०० च्या आसपास मुघलांनी थॉमस रोच्या दौऱ्यात इंग्रजांशी संबंध प्रस्थापित केले. औरंगजेबचा मृत्यू १७०७ मध्ये झाला. यानंतर बहादूर शहा प्रथम याने सत्ता सांभाळली. बहादूर शहा प्रथम यालाही मराठे, राजपपूत व शिखांकडून विरोध सहन करावा लागला. बहादूर शहा प्रथमच्या १७१२ मध्ये झालेल्या मृत्यूनंतर मुघल साम्राज्य दिल्लीत अनेक दुबळ्या राजांच्या नेतृत्त्वाखाली टिकून होतं. मुघल साम्राज्याच्या विभाजनामुळे मराठी ताकद, शिख आणि ब्रिटीश इंजिया कंपनीचं आगमन झालं. शेवटचा मुघल राजा बहादूर शाह द्वितीय याने १८५७ मध्ये इंग्रजांविरूद्धच्या उठावात सहभाग घेतला.हा उठाव अयशस्वी झाल्याने त्याला कैद करून रंगूनला पाठवण्यात आलं जिथे १८६२ मध्ये त्याचा मृत्यू झाला. याचबरोबर मुघल साम्राज्याची भारतात सांगता झाली.